Conservation des factures électroniques : durée, obligations et règles d’archivage

Avec la généralisation de la facturation électronique, une obligation essentielle demeure : les factures doivent être conservées pendant plusieurs années.

Combien de temps faut-il les garder ? Peut-on simplement les enregistrer dans le cloud ? Qui est responsable de leur archivage lorsqu’une plateforme agréée est utilisée ? Voici les règles à connaître pour conserver correctement vos factures électroniques et pouvoir les présenter en cas de contrôle.

Combien de temps faut-il conserver une facture électronique ?

En France, deux durées de conservation sont souvent mentionnées pour les factures : 10 ans au titre des obligations comptables et 6 ans au titre des obligations fiscales.

• Conservation fiscale : 6 ans Sur le plan fiscal, vous devez conserver vos factures électroniques pendant 6 ans à compter de la date à laquelle elles ont été établies. Ce délai permet à l’administration fiscale de consulter les factures et autres pièces justificatives, notamment pour contrôler vos déclarations de TVA et vos impôts. 
• Conservation comptable : 10 ans Au titre des obligations comptables, les factures émises et reçues doivent être conservées pendant 10 ans. Cette durée est prévue par l’article L.123-22 du Code de commerce, qui impose la conservation des documents comptables et des pièces justificatives.

Pour une entreprise, ce délai est généralement calculé à partir de la clôture de l’exercice comptable auquel la facture se rapporte. Cette règle permet notamment de garantir la traçabilité des opérations comptables et de pouvoir justifier les écritures enregistrées.

Faut-il alors conserver ses factures 6 ans ou 10 ans ?

En pratique, il est préférable de retenir une durée de conservation de 10 ans. Le délai comptable étant plus long, il couvre également la période de conservation fiscale de 6 ans et permet d’appliquer une règle unique à l’ensemble de ses factures.

Par exemple, pour une facture rattachée à un exercice clôturé le 31 décembre 2026, il est prudent de la conserver jusqu’au 31 décembre 2036.

Cette durée concerne aussi bien la conservation des factures électroniques émises que les factures reçues. Le fait qu’une facture soit dématérialisée ne réduit donc pas sa durée de conservation.

Quelles sont les obligations de conservation à respecter ?

Conserver une facture électronique ne consiste pas simplement à garder le fichier dans un dossier pendant plusieurs années. Pendant toute sa durée de conservation, l’entreprise doit pouvoir garantir l’authenticité de son origine, l’intégrité de son contenu et sa lisibilité. Ces garanties doivent être assurées depuis l’émission de la facture jusqu’à la fin de sa période de conservation. Voici les trois exigences prévues par le Code général des impôts :

• L’authenticité de l’origine : il doit être possible de vérifier l’identité de l’émetteur de la facture et de s’assurer qu’elle provient bien du fournisseur indiqué. Les informations d’identification de l’entreprise, comme son SIREN/SIRET ou son numéro de TVA intracommunautaire, participent notamment à cette vérification et garantissent que la facture n’a pas été falsifiée.
• L’intégrité du contenu : les informations figurant sur la facture ne doivent pas avoir été modifiées après son émission. Les montants, la TVA, les références ou encore l’identité des parties doivent donc rester conformes au document d’origine.

La facture doit également comporter les mentions obligatoires prévues par la réglementation. Une omission ou une inexactitude peut entraîner une amende fiscale de 15 € par mention manquante ou erronée, dans la limite du plafond prévu pour chaque facture.

• La lisibilité : la facture électronique doit rester accessible et compréhensible pendant toute sa durée de conservation. Une personne doit pouvoir la consulter facilement et les données doivent également rester exploitables par les systèmes informatiques.

La piste d’audit fiable (PAF) est l’un des moyens permettant de garantir ces trois principes.

Quel est le rôle de la piste d’audit fiable(PAF) ?

La PAF consiste à mettre en place des contrôles permettant d’établir un lien clair entre la facture et l’opération commerciale qui la justifie, par exemple à l’aide d’un devis, d’un bon de commande, d’un bon de livraison ou d’une preuve de paiement. Elle contribue ainsi à garantir l’authenticité de l’origine et l’intégrité du contenu de la facture.

En cas de contrôle fiscal, l’objectif est de pouvoir reconstituer le parcours d’une opération et démontrer qu’une facture émise ou reçue correspond bien à une livraison de biens ou à une prestation réellement effectuée. Les éléments qui constituent ces contrôles doivent donc eux aussi être conservés.

La piste d’audit fiable est obligatoire lorsque l’entreprise ne sécurise pas ses factures par un autre procédé reconnu, comme l'échange de données informatisé (EDI) fiscal ou la signature électronique.

Faut-il conserver la facture dans son format d’origine ?

Oui. Une facture électronique doit être conservée sous sa forme électronique et dans son contenu d’origine. Il ne suffit donc pas de l’imprimer et de conserver uniquement la version papier, ni de supprimer certaines données qui faisaient partie du fichier reçu. Le BOFiP précise notamment que l’intégralité du message de facturation doit être conservée et que son contenu ne doit pas être modifié.

Par exemple, pour une facture Factur-X, il est important de conserver le fichier électronique complet, avec le PDF/A-3 et le fichier XML qu’il contient. Conserver uniquement une copie visuelle du PDF ferait perdre les données structurées qui font partie de la facture électronique.

En pratique : l’entreprise doit donc conserver ses factures de manière à pouvoir retrouver le document original, le lire et démontrer qu’il n’a pas été altéré pendant toute la durée légale de conservation (10 ans).

Comment et où conserver ses factures électroniques ?

Pour conserver correctement vos factures électroniques, il ne suffit pas de garder un PDF dans un dossier. Vous devez utiliser une solution qui permet de retrouver facilement la facture, de la consulter et de garantir qu’elle n’a pas été altérée pendant toute sa durée de conservation.

Plusieurs solutions peuvent être utilisées pour conserver des factures électroniques, de la simple sauvegarde à des systèmes d’archivage plus complets. Toutes n’offrent cependant pas le même niveau de sécurité ni les mêmes garanties en cas de contrôle.

 Quels sont les principaux moyens de conservation ?

• Une sauvegarde classique : elle sert surtout à éviter de perdre vos factures. Vous pouvez enregistrer vos fichiers sur un ordinateur, un disque dur externe, un serveur ou dans le cloud. Cette solution est utile pour disposer d’une copie de sécurité, mais elle ne garantit pas à elle seule que le document n’a pas été modifié ni qu’il dispose d’une valeur probante.
• Une GED (Gestion Électronique des Documents) : elle permet de classer, centraliser, rechercher et partager facilement les factures et les autres documents de l’entreprise. Elle améliore donc surtout l’organisation et la gestion quotidienne. En revanche, une GED classique ne garantit pas automatiquement un archivage légal à valeur probante. Il faut vérifier qu’elle intègre des fonctions d’archivage sécurisé.
• Un coffre-fort numérique : il est conçu pour conserver les documents dans un environnement sécurisé et apporter des garanties sur leur intégrité dans le temps. Il permet notamment de tracer les opérations réalisées sur les documents et de démontrer qu’ils n’ont pas été altérés. Un coffre-fort numérique peut être intégré à une GED.
• Un système d’archivage électronique (SAE) : il va plus loin en gérant l’ensemble du cycle de conservation du document : dépôt, durée d’archivage, contrôle de l’intégrité, traçabilité, consultation et, si nécessaire, destruction à la fin de la durée légale. Il s’agit donc d’une solution d’archivage complète, particulièrement adaptée aux entreprises qui doivent gérer de nombreux documents sur le long terme.

Pour résumer : la sauvegarde permet de ne pas perdre vos fichiers, la GED de les gérer et les retrouver, le coffre-fort numérique de les protéger et de prouver leur intégrité, tandis que le SAE permet de piloter leur archivage sur toute leur durée de conservation.

Sauvegarde et archivage à valeur probante : quelle différence ?

La différence est simple : une sauvegarde sert surtout à ne pas perdre votre facture, tandis qu’un archivage à valeur probante permet aussi de prouver que le document est resté intact et fiable dans le temps.

Par exemple, enregistrer une facture sur votre ordinateur, un disque dur externe ou dans le cloud est utile pour disposer d’une copie. Mais cette sauvegarde ne permet pas forcément de démontrer que le fichier n’a jamais été modifié.

À l’inverse, un système d’archivage à valeur probante est conçu pour garantir l’intégrité du document, assurer sa traçabilité et permettre de le présenter comme preuve en cas de contrôle ou de litige.

Pour une facture électronique, il est donc préférable de conserver le fichier complet dans son format d’origine, dans une solution qui permet de le retrouver facilement, de le consulter et de démontrer qu’il n’a pas été altéré pendant toute la durée légale de conservation.

Qui est responsable de la conservation des factures ?

L’entreprise reste responsable de la conservation de ses factures, même lorsqu’elle utilise un logiciel de facturation, un prestataire ou une plateforme agréée. Cette obligation concerne aussi bien les factures émises que les factures reçues : chaque entreprise doit donc conserver les documents qui justifient ses opérations.

C’est un point important avec la réforme de la facturation électronique : le fait de choisir une Plateforme Agréée (PA) pour émettre et recevoir vos factures ne signifie pas automatiquement que celle-ci assure leur archivage légal pendant 10 ans. Le rôle obligatoire d’une PA porte principalement sur l’émission, la transmission et la réception des factures électroniques, ainsi que sur la transmission des données requises à l’administration.

L’administration précise d’ailleurs que l’agrément d’une plateforme ne signifie pas que toutes ses autres fonctionnalités, notamment l’archivage, ont été examinées ou certifiées. Il faut donc vérifier précisément les services proposés par la plateforme choisie.

En pratique : si votre PA ne propose pas de service d’archivage conforme, vous devez prévoir une autre solution pour conserver vos factures pendant la durée légale. Certaines plateformes peuvent proposer cette fonctionnalité en complément, mais elle ne doit pas être considérée comme automatique du seul fait qu’elles sont agréées.

Pour un auto-entrepreneur, une TPE ou une PME, vérifiez donc :

• qui assure réellement l’archivage de vos factures ;
• pendant combien de temps elles sont conservées ;
• quelles garanties d’intégrité et de traçabilité sont prévues ; 
• et si ce service d’archivage est bien inclus dans votre offre ou facturé séparément.

Que risque-t-on en cas de non-conservation ?

Ne pas conserver ses factures pendant la durée légale peut avoir des conséquences importantes en cas de contrôle fiscal. L’administration doit pouvoir accéder aux factures et aux pièces justificatives qui permettent de vérifier les opérations enregistrées dans votre comptabilité.

Les principaux risques sont les suivants :

• Une amende pour défaut de présentation des documents : lorsque l’entreprise ne conserve pas, détruit trop tôt ou refuse de communiquer des documents soumis au droit de communication de l’administration, une amende de 1 500 € peut notamment être appliquée sur le fondement de l’article 1734 du Code général des impôts.
• La remise en cause de certaines charges ou de la TVA déduite : une facture constitue normalement la pièce permettant de justifier une dépense et, notamment, le droit à déduction de la TVA. Si l’entreprise n’est plus en mesure de présenter la facture correspondante, l’administration peut contester la déduction ou la charge concernée.
• Le rejet de la comptabilité : lorsque les pièces justificatives sont insuffisantes ou que la comptabilité présente des irrégularités suffisamment importantes pour lui faire perdre sa valeur probante, l’administration peut la rejeter. Elle peut alors reconstituer le résultat imposable de l’entreprise à partir des éléments dont elle dispose et procéder à des rectifications d’impôt.

Le risque de rejet est particulièrement important pour les documents électroniques : l’administration précise que présenter uniquement une version papier de données qui auraient dû être conservées sous forme informatique peut constituer un manquement à l’obligation de conservation et, selon les circonstances, conduire à un rejet de comptabilité.

En pratique, perdre une facture ne déclenche donc pas automatiquement une sanction unique. Les conséquences dépendent de la nature des documents manquants et de leur importance dans la comptabilité. Mais plus l’entreprise est incapable de justifier ses opérations, plus elle s’expose à des amendes, à la remise en cause de déductions fiscales et, dans les cas les plus sérieux, à un rejet de sa comptabilité.

Simplifier la conservation de ses factures électroniques

L’arrivée de la facturation électronique ne change pas seulement la manière d’émettre et de recevoir une facture. Elle implique aussi de penser à sa conservation pendant plusieurs années, dans des conditions qui permettent de la retrouver facilement, de la lire et de garantir son intégrité.

Pour simplifier cette gestion, il est important de s’appuyer sur une solution de facturation adaptée, capable de centraliser les documents et de faciliter leur conservation dans le temps.

Avec TeamSystem Facture, vous pouvez gérer vos factures électroniques depuis un même environnement et mieux organiser leur suivi au quotidien. L’objectif est de limiter les manipulations manuelles et de conserver une gestion claire de vos factures émises et reçues.

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Pour un auto-entrepreneur, une TPE ou une PME, trois réflexes sont donc essentiels :

• conserver ses factures pendant la durée légale ;
• choisir une solution adaptée pour les centraliser et les retrouver facilement ;
• vérifier que leur intégrité et leur accessibilité sont garanties dans le temps.‍